RBP沉默RNA-seq数据包

利用转录组测序技术(RNA-seq),从整体水平研究RBP沉默后对基因表达模式、表达水平以及可变剪接事件的影响,提供全面的转录组信息。

RBP在细胞中的shRNA沉默效率,提供qRT-PCR结果。RBP沉默对细胞增殖、侵袭转移及细胞凋亡的影响。

对样品原始转录组RNA-seq进行基础分析,包括测序质量评估、有效reads提取、reads比对、测序饱和度统计、碱基含量统计、基因的表达统计,基因组各区域分布统计,mRNA上Reads覆盖一致性分析,样品相关性统计等。

对RNA-seq数据进行高级分析,包括差异表达基因分析、可变剪接分析、差异可变剪接分析,差异可变剪接和差异基因的关联分析、功能聚类分析等。

设置生物学重复及相应对照,提供原始RNA-seq数据。

赠送人类RBP的shRNA质粒:提供shRNA靶标序列。包含U6 polymerase III启动子,用于哺乳动物细胞中的shRNA表达。包含卡那霉素(Kanamycin)和杀稻瘟菌素(Blasticidin)抗性,方便在转化或转染的细胞中进行筛选。包含MMLV LTR序列,可用于慢病毒载体包装。具有pCMV-GFP表达,用于检测转染效率。适用于多种哺乳动物细胞系的瞬时或稳定转染。