PAS-seq 多聚腺苷酸化位点测序

NUDT21 drives T-cell acute lymphoblastic leukemia through dual regulation of alternative polyadenylation and transcriptional activation

NUDT21 通过对可变多聚腺苷酸化和转录激活的双重调控驱动 T 细胞急性淋巴细胞白血病

期刊：Advanced Science（IF 14.1，2024 JCR）　·　发表时间：2026 年（文章号 e202520693，暂无数字 DOI）
研究团队：苏州大学附属儿童医院吴水燕教授团队
我司支持：RNA-seq 与 PAS-seq 测序服务，以单碱基分辨率解析 APA 事件全貌
阅读原文：Advanced Science 2026; e202520693（Qiu C, Wang J, Li Z, et al.）

• APA 调控因子 NUDT21 在 T-ALL 中高表达：研究团队利用公共数据库与自建临床队列（113 例儿童 T-ALL 样本）发现，NUDT21 在 T-ALL 中显著高表达且与不良预后相关；T-ALL 中 3′UTR 延长事件多于缩短事件。生存分析显示 NUDT21 高表达的 ALL 患者总生存期显著缩短（p=0.004），自建队列同样验证（p=0.038）。
• APA 层面的直接证据：在 NUDT21 敲低细胞中进行 PAS-seq，识别到 2,369 个基因偏向近端 poly(A) 位点（3′UTR 缩短），464 个基因偏向远端位点（延长）。eCLIP-seq 显示约 43% 的 APA 基因在 3′UTR 有 NUDT21 结合，富集于"泛素介导的蛋白水解"通路；其中 UBE2D3 变化最显著，T-ALL 样本中 UBE2D3 主要使用远端 poly(A) 位点、产生长 3′UTR 转录本。
• 转录激活层面的独立证据：约 45% 的 NUDT21 CUT&Tag peaks 位于启动子区。整合分析得到 1,462 个 NUDT21 结合且下调但无 APA 变化的基因，富集于 E2F、G2M、MYC 等通路；NUDT21 特异性结合 MYC 启动子区（该区域呈活性染色质状态），并与 ETV6、MYB、RUNX1、GATA3 形成转录调控复合体。
• NUDT21–UBE2D3–MYC 致癌轴与药物靶点：UBE2D3 长 3′UTR 转录本半衰期更长、报告基因活性更高，敲低 UBE2D3 抑制增殖并诱导凋亡，在 NUDT21 敲除细胞中回补 UBE2D3 可部分恢复增殖。小分子化合物 Ouabain Octahydrate 可经蛋白酶体途径降解 NUDT21，进而下调 UBE2D3 与 MYC、诱导凋亡，为 T-ALL 提供新的靶向策略。

NUDT21 lactylation reprograms alternative polyadenylation to promote cuproptosis resistance

NUDT21 乳酰化重编程选择性多聚腺苷酸化以诱导铜死亡抵抗

期刊：Cell Discovery（IF 12.5，2024 JCR）　·　发表时间：2025 年 5 月
研究团队：中山大学肿瘤医院团队
我司支持：PAS-seq 与 RNA-seq 技术服务，精准解析乳酸诱导的 APA 重编程机制
阅读原文：doi.org/10.1038/s41421-025-00804-1

• 乳酸驱动 APA 重编程：分析 TCGA 食管鳞癌（ESCC）数据发现，高 LDHA（乳酸产生主要酶）表达患者优先使用远端 PAS（dPAS）；通过 PAS-seq 和 RT-qPCR 检测 L-乳酸处理的 ESCC 细胞（KYSE30 / TE-1），验证 FDX1、PAWR 等基因的 3′UTR 延长。构建 FDX1 3′UTR 长短变体载体，结合免疫印迹与双荧光素酶报告实验，明确长 3′UTR 降低 FDX1 蛋白表达；对比 D-乳酸处理，证明调控具有 L-乳酸特异性。
• NUDT21 K23 位点乳酰化是关键开关：整合乳酰化组学数据筛选出 3′ 端加工核心蛋白 NUDT21 为乳酰化靶点；质谱鉴定 K23 为主要乳酰化位点，K23R 突体验证其关键性。L-乳酸通过 AARS1 催化 NUDT21 乳酰化、HDAC2 反向去乳酰化。乳酰化 NUDT21 增强 CFIm 复合体（NUDT21-CPSF6）组装，提升对 FDX1 RNA 的结合能力，特异性促进 FDX1 远端 PAS 选择。
• 乳酸-NUDT21-FDX1-铜死亡轴：NUDT21 敲低或 K23R 突变消除乳酸保护作用；L-乳酸处理显著降低铜离子载体（elesclomol / disulfiram+Cu²⁺）诱导的细胞死亡。基于 251 例 ESCC 临床样本的免疫组化显示，高 K23-乳酰化 NUDT21 患者预后最差（P<0.001），且与 FDX1 低表达强负相关（r=−0.68）。
• 可转化的联合治疗策略：小鼠移植瘤模型中，联合使用临床 LDHA 抑制剂 stiripentol 与铜离子载体 elesclomol 显著抑制肿瘤生长（肿瘤体积↓68%，P<0.001）且无显著毒性，通过"阻断乳酸生成 → 恢复 FDX1 表达 → 重启铜死亡"实现协同抑瘤。

Downregulation of NUDT21 contributes to cervical cancer progression through alternative polyadenylation

NUDT21 下调通过选择性多聚腺苷酸化促进宫颈癌进展

期刊：Oncogene（IF 7.3，2024 JCR）　·　发表时间：2021 年（Vol 40, 2051–2064）
阅读原文：doi.org/10.1038/s41388-021-01693-w

我司支持：PAS-seq 与 数据分析支持

样本与方法：宫颈癌（CxCa）组织与细胞系；运用 PAS-seq 在宫颈癌全基因组范围内对聚腺苷化 RNA 的 3′ 末端区域（3′UTR）进行测序，绘制响应 NUDT21 过表达和敲低的 APA 事件，随后进行功能注释分析。
研究发现：NUDT21 在 CxCa 组织和细胞中表达降低，且与患者临床预后高度相关。敲低 NUDT21 促进 CxCa 细胞体外增殖、迁移与侵袭，以及体内成瘤与肺转移；过表达则产生相反效果。

PAS-seq 结果显示，在 NUDT21 过表达情况下发现 457 个转录本的 3′UTR 显著延长，与此同时 348 个转录本的 3′UTR 显著缩短。功能注释分析发现 NUDT21 靶点参与了脂肪酸（FA）代谢调控因子以及 Wnt 和 NF-κB 信号通路。从上述 APA 受 NUDT21 调控的基因中，作者进一步确认 IL-1A、WNT10B、HMGB1 和 ACAT2 参与宫颈癌转移。研究还表明 NUDT21 可调控 CxCa 细胞中 miRNA 介导的翻译抑制。