CircRNA是一类环状的RNA分子，在植物、动物等真核生物中广泛存在，circRNA表达与包括疾病在内的多种生理过程密切相关，circRNA的产生机制及其功能逐渐成为研究热点。本次和大家分享非编码RNA领域杰出科学家，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲于2016年2月发表在NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY的综述论文，跟着大牛一起快速了解circRNA领域的研究进展、存在的问题、未来的研究方向。
本文从生物信息分析和实验角度对circular RNA检出进行综述。
研究思路：1．讨论目前在实验和生物信息分析上可能导致的circular RNA错误检出；2．比较目前circular RNA检出软件的特点和不足；3．提出测试circular RNA检测是否准确的方法。
文章亮点：1．阐述了检测circular RNA时实验可能造成的误差；2．阐述了生物信息分析方法对circular RNA检测的影响，并且从多个角度比较了部分目前检测circular RNA的软件。3．提出测试circular RNA检测是否准确的方法。
miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA，长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合，会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面，从而造成基因的转录后调控，会造成数百个基因的表达抑制。miR-122在肝脏中的功能研究已经比较多，尤其是在肝癌发生过程中的研究。miR-122的敲除并不会太大影响肝脏的发育和功能，但会造成年轻人的肝脏炎症反应以及脂肪肝，在年老人群中，会进一步引起肝癌。在肝癌病人中，前人也发现了miR-122的低表达。综合上述结果，miR-122被认为是一个抑癌因子，而且可以进一步作为肝癌治疗的一种药物靶点。但是到目前为止，miR-122在肝脏中的调控网络，以及作用的靶基因之间的关系还不是很完善。
由于植物中不存在特异的免疫细胞，植物免疫系统的基础是植物的每一个细胞，它们在受到病原体入侵后转录组重塑的机制已经有比较深入的研究。但对于植物免疫反应过程中对蛋白翻译的调控才刚刚起步。
RNA结合蛋白（RBPs）参与到了转录后调控，包括RNA的可变剪接，RNA的空间折叠，从而导致RNA的表达量的变化。因此精确确定RBPs在RNA上的结合位置和结合特点是至关重要的。目前已经有成功解析RBP结合位点的方法，如CLIP-seq。但CLIP-seq也有很多的缺陷：如实验复杂，成功率低，文库的丰富度不够。和CLIP-seq比较类似的RIP-seq，虽然少了一些步骤，但获得的结果和CLIP-seq比较类似。最近有一项研究报道，使用DO-RIP-seq技术，也可以成功地获得RBPs的结合位点。而且能够获得更好的丰富度，这为RIP-seq分析RBPs的结合位点提供了方案和依据。
RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中，研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能，通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制，调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达，控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径，促进细胞特征维持的调控机制。
运用RNA-seq 技术并构建多个minigene进行一系列分子细胞学实验，探究SF3B1的突变对众多基因的前体mRNA 剪接的调控机制。
研究思路
1. 对大量的有SF3B1的突变肿瘤样本进行RNA-seq，分析发现SF3B1的突变影响大量基因的前体mRNA剪接 ；
2. 构建众多基因的minigene 进行分子细胞实验，探索突变的SF3B1调控大量基因剪接的机制；
3. 总结出突变的SF3B1促进识别可变分支位点的分子调控模型。
文章亮点
1．第一次揭示了SF3B1的癌症相关性突变通过促进使用可变分枝位点的方式影响可变剪接的调控机制。
该论文提出了一种全新的CLIP方法，称为enhanced CLIP (eCLIP)。该方法为RBPs在全基因组范围内的maps提供了一个更加强大，标准化的框架。显著的降低了测序过程中所需要扩增的次数，并且极大地提高了RBPs文库可读百分比的成功率。此外，eCLIP还改善了配对input controls的发现auehentic位点的信噪比。
通过对小鼠睾丸上皮绒毛和腺窝干细胞进行RNA-seq和CHIP-seq研究，发现基因的二价启动子在干细胞和组织特化细胞中的不同分布情况，以及组蛋白修饰marker在不同细胞中对基因表达调控的差异。
研究者们利用TCGA、ICGC和其他已发表的高通量测序数据（图1），绘制了人类肿瘤的变异图谱。图谱信息包括以下几类癌症功能事件（Cancer Functional Events, CFE）：1、表现出定向选择特征的高突变率的癌症基因；2、反复发生的拷贝数差异变化；3、启动子区的超甲基化CpG位点。通过分析超过11000名病人的肿瘤样本信息，研究者们确定了1699种癌症特异CFE，并进一步合并为1273种泛癌症CFE。