转录组分析揭示了在黄萎病菌中选择性剪接调控的复杂性

这项研究表明了选择性剪接在塑造低等真核生物的转录组和蛋白质组复杂性中的普遍作用。结合数十种复杂的可变剪接模式的鉴定,可变剪接机制在黄萎病菌中具有重要的作用。黄萎病菌不同AS模式的频率和分布与通过EST分析或转录组测序检测到的拟南芥和水稻的AS频率和分布惊人地相似,按高低排序为IR,A3SS,A5SS和ES。在可变剪接调控的基因的功能聚类表明,在真菌发育和繁殖,信号转导,线粒体软骨功能以及许多其他生物学功能(包括转录和转录后过程)中可变剪接发挥着关键作用

Argonaute CLIP Defines a Deregulated miR-122-Bound Transcriptome that Correlates with Patient Survival in Human Liver Cancer

miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA,长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合,会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面,从而造成基因的转录后调控,会造成数百个基因的表达抑制。miR-122在肝脏中的功能研究已经比较多,尤其是在肝癌发生过程中的研究。miR-122的敲除并不会太大影响肝脏的发育和功能,但会造成年轻人的肝脏炎症反应以及脂肪肝,在年老人群中,会进一步引起肝癌。在肝癌病人中,前人也发现了miR-122的低表达。综合上述结果,miR-122被认为是一个抑癌因子,而且可以进一步作为肝癌治疗的一种药物靶点。但是到目前为止,miR-122在肝脏中的调控网络,以及作用的靶基因之间的关系还不是很完善。

RBFox2 Binds Nascent RNA to Globally Regulate Polycomb Complex 2 Targeting in Mammalian Genomes

PRC2能够通过EZH2甲基转移酶活性,修饰H3K27三甲基化抑制基因的转录表达。近些年来,表观调控研究领域的热点在于探索何种媒介介导了PRC2复合体结合至靶标染色质,从而行使表观调控的功能。其中,LncRNA介导的PRC2在染色质上的结合和基因表达调控机制已经非常清楚,例如RepA、Hotair等,但是除了LncRNA外,是否存在其它的调控因子还未解答。2012年NSMB发表文章报道Intronic RNA能够介导PRC2的顺式调控能力;2013年,同样也是NSMB发表文章表明PRC2复合体不仅能够结合LncRNA,还能与各式各样的RNA相互作用,包括成熟的mRNA;同年,NSMB文章揭示了PRC2能够结合至新生RNA,鉴于新生RNA与染色质的空间距离较近,这些线索提示新生RNA可能介导PRC2复合体对染色质的结合和调控

SRSF1-Regulated Alternative Splicing in Breast Cancer

1. 可变剪接在基因表达过程中起着关键作用,最近研究表明,癌基因及肿瘤抑制因子剪接调控的紊乱与恶性肿瘤的形成关系密切。
2.SRSF1是一个典型的剪接相关蛋白,该基因被发现在人乳腺癌中呈现过度表达。同时,过表达SFSR1能够促进乳腺细胞的转化,而这一进程可能与其剪接因子的功能特性相关。
3.目前对于SRSF1对RNA的结合特性以及其调控规律还不太清楚。
4.一些研究报道表明,在果蝇和小鼠中SRSF1能够调控一系列基因的选择性剪接,但是这种剪接作用与人类疾病的相关性仍不明确。

Genomic Analysis of ADAR1 Binding and its Involvement in Multiple RNA Processing Pathways

交联免疫沉淀结合高通量测序技术Cross-Linking Immunoprecipitation method followed by high-throughput sequencing (CLIP-Seq)被运用于全基因组水平揭示ADAR1靶序列的结合特点。结果表明,ADAR1在U87MG细胞中能够结合的靶序列总数为23782,其中分布在约10000个蛋白编码基因中。作者分析了靶序列的分布规律,其中大部分为Alu重复序列,第一次从全基因组水平确认了ADAR1对Alu的选择偏好性。同时,发现了15%的结合位点位于非Alu区域,进一步研究表明ADAR1结合至非Alu区域能够调控3′ UTR 的选择性使用以及pri-miRNA的生成。

MicroRNA directly enhances mitochondrial translation during muscle differentiation.

7月31日,国际著名期刊Cell报道了关于肌肉细胞分化过程中miRNA对线粒体中蛋白翻译系统调控的最新研究成果,我公司首席科学家张翼博士参与了该项目的指导研究。

MicroRNA (miRNA)是一类长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子,通常情况下,它能与胞质中的mRNA的特定位点结合,导致mRNA的降解或抑制蛋白质的合成,但在特定细胞环境中,如血浆饥饿细胞,miRNA也能促进基因转录与表达。