Maintenance of the marginal-zone B cell compartment specifically requires the RNA-binding protein ZFP36L1

RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中,研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能,通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制,调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达,控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径,促进细胞特征维持的调控机制。

Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP)

RNA结合蛋白(RNA-binding proteins, RBPs)已被认为是调节基因表达的关键因素。RNA在什么时候,什么地点以什么速率被加工,转运和细胞内的翻译控制一直是研究热点。已有的研究表明这些调节是必须的,因为RBP功能的缺失会导致很多不同的遗传和躯体的疾病,例如神经病变,自身免疫缺陷和癌症等。为了发现RBPs是如何对RNA加工产生影响的机制,大量的新技术如RNA免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation, RIP),紫外交联免疫沉淀(crosslinking-immunoprecipitation, CLIP)等被广泛使用。当一些高通量测序(-seq)与CLIP方法结合例如, photoactivatable-ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP)和individual-nucleotide-resolution CLIP (iCLIP)之后RNA在体内与单核苷酸结合位点的识别将会得到很大改善。然而,当前的CLIP方法在技术上具有一定的挑战性,例如较高的失败率,CLIP-seq文库经常出现极低的complexity:在已发表的279个CLIP数据集中经过PCR重复之后有高达83.3%的CLIP-seq数据会被丢掉。此外当iCLIP由ENCODE进行大量处理时,RBPs文库产生的成功率会地很多,尤其是对那些没有被注释的RNA结合结构域。因此提高文库成功率将显著降低测序成本,极大地提高生物和技术的可重复性,并且可以使低丰度RBPs和很少靶标RNA的RBPs的RBP位点更容易识别。