绝了!利用GEO数据库快速发表科研论文
这项研究下载了GEO数据库已经发表的白癜风患者的皮肤组织样本的转录组数据和白癜风患者的外周血的转录组数据,对差异的DEG基因和免疫细胞的类型进行相关性分析。
We translate sequences to science and industry.
这项研究下载了GEO数据库已经发表的白癜风患者的皮肤组织样本的转录组数据和白癜风患者的外周血的转录组数据,对差异的DEG基因和免疫细胞的类型进行相关性分析。
这项研究利用转录组测序技术揭示了不同时期慢性髓系白血病患者的转录图谱。运用ABLas可变剪接分析流程比较了两类患者中的可变剪接调控模式,急变期白血病患者表现出更显著的剪接失调。筛选出辅助剪接因子hnRNPA1可作为区分白血病患者和健康人的的生物标志物。实验证明hnRNPA1的全长剪接亚型A1-b在急变期患者中表达明显升高,这种独特的表达模式可能为白血病急慢性患者的分类提供新的预后指标。
研究表明JNK/miR-31/Cdc42的反馈调节在维持肝细胞稳态中具有重要作用。运用RIP-seq检测技术,发现miR-31通过结合并抑制Cdc42的表达和活性,抑制JNK的激活,从而缓解肝细胞损伤。因此可以推测,miR-31可能具备作为药物传递分子来增强药物对抗APAP诱导的DILI的治疗潜力。
本文的研究揭示了:1)CPR5是一个SR家族RNA结合蛋白;2)RNA剪接因子NTC和RNA poly(A)加尾因子CPSF协同调控植物免疫;3) CPR5将RNA加工和植物免疫两大基本的生命过程联系起来
目前,大量研究已经证实m6A修饰具有重要功能:在分子功能层面,m6A修饰影响RNA的转录、加工、运输、翻译、降解等一系列过程(Yang et al., 2018);在生物学功能层面,m6A修饰参与调控生长发育、细胞分化、癌症发生发展等生物学过程。
Poly(A)-seq技术的方便性和稳定性会带给全球许多实验室新的机遇,推动一批创新性优秀成果的产出。我们希望我们团队提供的Poly(A)-seq技术服务可以惠及全国科研院所和医院的多个研究团队,助力各团队抓住这个新的科研机遇,产生创新性研究成果,实现新的突破。
首先,通过构建IGF2BP2敲除的巨噬细胞,探索炎症诱导下,IGF2BP2敲除对M1和M2型巨噬细胞激活的影响;
其次,通过iRIP-seq等实验明确了IGF2BP2在巨噬细胞表型激活中的作用机制;
最后,通过建立结肠炎和哮喘小鼠模型,利用小鼠的骨髓细胞交叉移植等实验,验证了IGF2BP2在炎症疾病中的功能。
分析TCGA 数据中参与同一 TF-iGEN相关基因的表达的生存关系,TF-iGEN 网络与免疫浸润之间的联系以及eQTL分析等,从而提出一种识别调节免疫浸润的 TFs 的方法,并且为多种癌症提供了新的潜在预后指标和可能的治疗靶点
运用ChIRP-MS和RNA pull down检测技术,发现lncRNA PFI通过结合并抑制剪接因子SRSF1的表达和活性,抑制EDA + Fn1剪接异构体的产生,从而参与肺纤维化的调控。因此可以推测,诱导PFI表达可能为预防和治疗PF提供一种新的途径。
我们开发出了独立自主的AS分析软件:剪接位点使用变异分析(SUVA)。SUVA在检测AS事件方面显示出比其他方法更高的灵敏度和准确性。