长非编码RNA（lncRNA）是长达两百个核苷酸以上的转录本，绝大多数位于细胞核内。在测序技术的帮助下，人们已经发现了数千种lncRNA，但这些lncRNA的生物学功能依然是个谜。
非编码RNA（ncRNA）往往与蛋白质协作，生成复杂的结构，并参与细胞调控。为了揭示非编码RNA-蛋白质复合体（RNP）的组成和动态，在ChIRP的基础上开发了质谱分析技术ChIRP-MS。这是一种RNA导向的蛋白质组学技术（RNA-directed proteomics），能够全面鉴定特定非编码RNA的结合蛋白。
武汉瑞兴生物ChIRP技术介绍
ChIRP（Chromatin Isolation by RNA Purification）是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法。该方法是针对目标lncRNA的序列，通过设计生物素或链霉亲和素探针，把目标RNA拉下来以后，与其共同作用的DNA染色体片段、RNA片段、或蛋白质就会附在到磁珠上，最后通过qRT-PCR、文库构建、高通量二代测序、免疫印迹法和质谱分析等技术，即可确定和目标lncRNA互作的RNA、DNA和蛋白。当然，这里获得的蛋白主要是我们熟知的RNA结合蛋白（RNA binding proteins，RBPs）。
- 探针设计：设计反义寡核苷酸探针，20nt 左右；
- 细胞培养：ChIRP实验需要的细胞数，即2×107；采用的是标准培养基；
- 细胞交联及收集细胞质粒；
- 交联后DNA的超声破碎；
- 生物素标记的DNA探针与RNA杂交；
- ChIRP；
- RNA、DNA及核酸结合蛋白提取，分析实验数据。
通过解读以下文献，和大家一起分享ChIRP技术在肺纤维化研究中的价值。本研究成果于2021年4月21日发表在国际顶级杂志Cell Death & Differentiation上面（2020 IF 15.828，中科院一区，Top期刊）。
研究背景
肺纤维化(Pulmonary fibrosis, PF)是一种病因复杂、死亡率高的间质性肺炎，其特点是肺泡间质进行性瘢痕化和肌成纤维细胞病变。近年来，长链非编码RNA (long non-coding RNAs, lncRNAs)在器官纤维化中的重要性得到越来越多的关注。本研究主要探讨了lncRNA在肺纤维化中如何发挥作用。
研究方法和主要发现
展示本研究的部分图例
LncRNA-PFI能够结合并调控SRSF1的表达
LncRNA-PFI 通过直接和SRSF1互作影响其表达，进而调控EDA-Fn1剪接异构体的表达，最终影响肺纤维化的分子调控机制模型图
总结
这项研究表明lncRNA-PFI的抗纤维化功能在肺纤维化中具有重要作用。运用ChIRP-MS和RNA pull down检测技术，发现lncRNA PFI通过结合并抑制剪接因子SRSF1的表达和活性，抑制EDA + Fn1剪接异构体的产生，从而参与肺纤维化的调控。因此可以推测，诱导PFI表达可能为预防和治疗PF提供一种新的途径。
参考文献
Sun, J., Jin, T., Su, W., Guo, Y., Niu, Z., Guo, J., … & Liang, H. (2021). The long non-coding RNA PFI protects against pulmonary fibrosis by interacting with splicing regulator SRSF1. Cell Death & Differentiation, 1-15.
