可变多聚腺甘酸位点测序 PAS-seq

真核细胞中，大多数蛋白质编码基因和长链非编码RNA的3’端会经过切割和聚腺苷化（polyA），最近的研究表明绝大多数的mRNA具有两个或以上的聚腺苷化位点(PAS)，因此选择性多聚腺苷酸化( APA，是指具有多个PAS的基因)，是真核生物的一个重要转录后调控方式。它广泛存在于所有真核生物中，是基因调控的主要机制。

APA事件不仅可导致编码基因产生出多个3’UTR长度和序列组成不同的转录异构体，拓展蛋白质组学和功能多样性，而且在基因调控中起着重要的作用。作为一种关键的分子机制，APA参与了mRNA成熟、mRNA稳定、细胞RNA衰变和蛋白质多样化等多种基因调控步骤。APA在癌症中经常出现失调，导致癌基因和肿瘤抑制基因表达的改变；正常细胞中癌基因通常使用远端PAS形成长3’UTR亚型，而肿瘤细胞往往使用近端PAS而形成短3’UTR亚型。3’UTR的缩短可能显著减少了miRNA的抑制作用，使mRNA更趋于稳定，翻译效率显著提高，使相关基因蛋白质表达水平升高。

PAS-seq，是一种检测可变的多聚腺甘酸位点的技术方法。可变的多聚腺甘酸化(alter-native polyadenylation，APA)是真核生物中一种重要的基因表达调控方式。通过PAS-seq以及后续的信息学分析，我们可以得到转录组范围内的转录终止位点(TTS)、不同的3’UTR分析、差异表达分析。