这项研究表明了选择性剪接在塑造低等真核生物的转录组和蛋白质组复杂性中的普遍作用。结合数十种复杂的可变剪接模式的鉴定，可变剪接机制在黄萎病菌中具有重要的作用。黄萎病菌不同AS模式的频率和分布与通过EST分析或转录组测序检测到的拟南芥和水稻的AS频率和分布惊人地相似，按高低排序为IR，A3SS，A5SS和ES。在可变剪接调控的基因的功能聚类表明，在真菌发育和繁殖，信号转导，线粒体软骨功能以及许多其他生物学功能（包括转录和转录后过程）中可变剪接发挥着关键作用
miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA，长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合，会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面，从而造成基因的转录后调控，会造成数百个基因的表达抑制。miR-122在肝脏中的功能研究已经比较多，尤其是在肝癌发生过程中的研究。miR-122的敲除并不会太大影响肝脏的发育和功能，但会造成年轻人的肝脏炎症反应以及脂肪肝，在年老人群中，会进一步引起肝癌。在肝癌病人中，前人也发现了miR-122的低表达。综合上述结果，miR-122被认为是一个抑癌因子，而且可以进一步作为肝癌治疗的一种药物靶点。但是到目前为止，miR-122在肝脏中的调控网络，以及作用的靶基因之间的关系还不是很完善。
由于植物中不存在特异的免疫细胞，植物免疫系统的基础是植物的每一个细胞，它们在受到病原体入侵后转录组重塑的机制已经有比较深入的研究。但对于植物免疫反应过程中对蛋白翻译的调控才刚刚起步。
RNA结合蛋白（RBPs）参与到了转录后调控，包括RNA的可变剪接，RNA的空间折叠，从而导致RNA的表达量的变化。因此精确确定RBPs在RNA上的结合位置和结合特点是至关重要的。目前已经有成功解析RBP结合位点的方法，如CLIP-seq。但CLIP-seq也有很多的缺陷：如实验复杂，成功率低，文库的丰富度不够。和CLIP-seq比较类似的RIP-seq，虽然少了一些步骤，但获得的结果和CLIP-seq比较类似。最近有一项研究报道，使用DO-RIP-seq技术，也可以成功地获得RBPs的结合位点。而且能够获得更好的丰富度，这为RIP-seq分析RBPs的结合位点提供了方案和依据。
RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中，研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能，通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制，调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达，控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径，促进细胞特征维持的调控机制。
受到RBA结合蛋白控制的可变剪接过程可能影响大部分基因的表达。近年来越来越多的实验表明，可变剪接的失调可能以多种方式影响癌症的发生和发展。癌症特异性的可变剪接具有显著的诊断价值，是极有价值的癌症标记，也是潜在的药物靶标。目前科学家们已发现了一些具有可变剪接的癌症相关基因，但癌症中可变剪接的调控网络还有待细致发掘。
1. 神经干细胞具有自我更新能力，能够分化产生神经组织中不同细胞类型的细胞，它的功能失调与许多神经退行性疾病的发生和发展密切相关。
2. 成体神经干细胞数量稀少，所处环境复杂，使得在体识别、解析成体神经干细胞的分子特征及示踪成体干细胞的分化谱系面临巨大的挑战。
3．近年来，单细胞转录组测序分析技术有很大的发展。
一种罕见的多能造血干细胞群体（HSCs）需要连续生产百万成熟血细胞，同时保持不同谱系之间的正确平衡。在造血层次结构的顶点所在的最原始的长期重建造血干细胞（LT-HSCs）。LT-HSCs可以进行三种类型的细胞分裂：（1）重建对称细胞分裂产生补充LT-HSC库中的两个LT-HSC的子代细胞; （2）对称分裂来补充生产短期重建造血干细胞（STHSCs）和多能祖细胞（MPP的）;及（3）不对称分裂，其中一个子细胞仍然是干细胞，其他的功能发生改变。
在骨髓（BM）中造血干细胞的能力会随着年龄增加而显著下降。相应的在老年人中骨髓性疾病例如：白血病，获得性免疫系统功能降低和贫血病的发病率显著增加。目前干细胞衰老主要有两个模型：1，特定表型的多个HSCs克隆共存，但是他们的相对频率会随年龄的变化而改变；2，所有的造血干细胞经历与年龄感官潜在的协同变化。尽管对HSCs功能的随着年龄增加而下降进行了广泛的研究，但是潜在的HSCs衰老的分子机制仍然不清楚。
Pre-mRNA的转录和剪切过程由两个不同的大分子复合物完成，RNA聚合酶II和剪接体。早期研究已经表明，新生RNA上能同时发生剪接行为，那么在新生RNA上发生的剪接过程，Pol II和剪接体之间的距离是多近是从未有人报道的。
对单个人类大脑神经元细胞核进行单细胞核转录组测序能够高效鉴定人类大脑神经性元不同亚型，奠定“绘制”人类脑神经元细胞基因活性方法的基础。同时，可以帮助我们更好理解人脑正常功能及疾病异常，包括阿尔茨海默氏症、帕金森症、精神分裂症和抑郁症等。