单细胞和空间转录组分析揭示了肝转移性结直肠癌的细胞异
技术简介
高通量测序技术的出现使转录组学发生了革命性的变化,为基因表达的复杂性提供了新的见解;单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术包含了转录本更全面的信息,改变了我们识别细胞亚群的能力,然而在分离组织的同时会破坏原始组织环境中的组织结构、细胞相互作用和功能状态所必需的空间背景,为了解决这一局限性,创新性的基于测序的空间转录组学(sequencing-based spatialtranscriptomics , sST )应运而生,它可以在保留组织内空间信息的同时,实现更为全面的转录图谱分析。空间转录组学技术可以通过揭示组织结构、发育模式和疾病发生发展机制提供有价值的生物学见解,在肿瘤学、神经科学和发育生物学等领域已经取得了突出的研究成果。
空间转录组测序技术拥有强大的功能和光明的前景,2020年一经推出即被《nature methods》评为年度技术,随着它的普及,突破性的生物学发现将给生命科学领域带来更多的革命。
空间转录组测序技术拥有强大的功能和光明的前景,2020年一经推出即被《nature methods》评为年度技术,随着它的普及,突破性的生物学发现将给生命科学领域带来更多的革命。
平台介绍
目前市面上主流的空间转录组测序平台是10x Visium和华大Stereo-seq.10x Visium早期版本分辨率约100μm(单个细胞的直径范围在5-30μm),远达不到单个细胞分辨率的级别,直到2024年年初推出分辨率为2μm的Visium HD平台,才真正意义上达到单个细胞分辨率,但是由于实验原理限制,物种仅限人和小鼠。华大Stereo-seq在2021年推出后就以0.5μm的超高分辨率远超国内外其他空转产品,并且2024年6月发布的Stereo-seq FFPE技术,以随机引物捕获的原理打破了物种限制,不局限于人和小鼠,让更多研究其他物种的学者全面的解析转录图谱成为可能。