Genomic Analysis of ADAR1 Binding and its Involvement in Multiple RNA Processing Pathways

交联免疫沉淀结合高通量测序技术Cross-Linking Immunoprecipitation method followed by high-throughput sequencing (CLIP-Seq)被运用于全基因组水平揭示ADAR1靶序列的结合特点。结果表明,ADAR1在U87MG细胞中能够结合的靶序列总数为23782,其中分布在约10000个蛋白编码基因中。作者分析了靶序列的分布规律,其中大部分为Alu重复序列,第一次从全基因组水平确认了ADAR1对Alu的选择偏好性。同时,发现了15%的结合位点位于非Alu区域,进一步研究表明ADAR1结合至非Alu区域能够调控3′ UTR 的选择性使用以及pri-miRNA的生成。

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Discovery, Annotation, and Functional Analysis of Long Noncoding RNAs Controlling Cell-Cycle Gene Expression and Proliferation in Breast Cancer Cells

长链非编码RNAs (lncRNA)是一类长度大于200 bp,不编码蛋白质的RNA分子。大量的研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用。然而,到目前为止,各类细胞中的lncRNA种类、数量、功能都不明确。

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DNA demethylation dynamics in human prenatal germline cells

精子和卵子的融合是动物胚胎发育的起点,不过这一过程并不仅仅是简单的融合。哺乳动物细胞的甲基化模式是在发育中逐渐形成的,在胚胎发育初期,全基因组的甲基化模式会发生明显变化。比如说小鼠胚胎受精之前,雌雄生殖细胞具有较高的甲基化水平,胚胎着床前发生大规模的DNA去甲基化。

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DNA methylation signatures of lncRNA in porcine adipose and muscle tissues

长链非编码RNAs(lncRNA)是一类长度大于200nt,不编码蛋白质的RNA分子。与mRNAs相识,lncRNA也是由RNA聚合酶II转录,经历剪接和多聚腺苷酸化。根据它们与蛋白质编码基因的相对定位,lncRNA可分为反义转录物(antisense transcripts)、长链基因内非编码RNAs(long intronic noncoding RNAs)和长链基因间非编码RNAs(long intergenic noncoding RNAs, lincRNAs)。有一些lincRNA已被证明在多种生物学过程如剂量补偿、转录调控、表观遗传调控和细胞多能性维持等中发挥重要作用。以往的研究也证实lincRNA在脂肪生成和肌肉组织发育中发挥作用。

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