转录组分析揭示了在黄萎病菌中选择性剪接调控的复杂性

这项研究表明了选择性剪接在塑造低等真核生物的转录组和蛋白质组复杂性中的普遍作用。结合数十种复杂的可变剪接模式的鉴定,可变剪接机制在黄萎病菌中具有重要的作用。黄萎病菌不同AS模式的频率和分布与通过EST分析或转录组测序检测到的拟南芥和水稻的AS频率和分布惊人地相似,按高低排序为IR,A3SS,A5SS和ES。在可变剪接调控的基因的功能聚类表明,在真菌发育和繁殖,信号转导,线粒体软骨功能以及许多其他生物学功能(包括转录和转录后过程)中可变剪接发挥着关键作用

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The biogenesis and emerging roles of circular RNAs

CircRNA是一类环状的RNA分子,在植物、动物等真核生物中广泛存在,circRNA表达与包括疾病在内的多种生理过程密切相关,circRNA的产生机制及其功能逐渐成为研究热点。本次和大家分享非编码RNA领域杰出科学家,中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲于2016年2月发表在NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY的综述论文,跟着大牛一起快速了解circRNA领域的研究进展、存在的问题、未来的研究方向。

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Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges

本文从生物信息分析和实验角度对circular RNA检出进行综述。
研究思路:1.讨论目前在实验和生物信息分析上可能导致的circular RNA错误检出;2.比较目前circular RNA检出软件的特点和不足;3.提出测试circular RNA检测是否准确的方法。
文章亮点:1.阐述了检测circular RNA时实验可能造成的误差;2.阐述了生物信息分析方法对circular RNA检测的影响,并且从多个角度比较了部分目前检测circular RNA的软件。3.提出测试circular RNA检测是否准确的方法。

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Argonaute CLIP Defines a Deregulated miR-122-Bound Transcriptome that Correlates with Patient Survival in Human Liver Cancer

miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA,长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合,会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面,从而造成基因的转录后调控,会造成数百个基因的表达抑制。miR-122在肝脏中的功能研究已经比较多,尤其是在肝癌发生过程中的研究。miR-122的敲除并不会太大影响肝脏的发育和功能,但会造成年轻人的肝脏炎症反应以及脂肪肝,在年老人群中,会进一步引起肝癌。在肝癌病人中,前人也发现了miR-122的低表达。综合上述结果,miR-122被认为是一个抑癌因子,而且可以进一步作为肝癌治疗的一种药物靶点。但是到目前为止,miR-122在肝脏中的调控网络,以及作用的靶基因之间的关系还不是很完善。

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