1.文章简介
| 文章题目 | N6-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA–protein interactions. |
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| 期刊名 | |
| 作者 | |
| 发表时间 | 2014 |
| 实验材料 | |
| 测序平台 | |
| 相关产品 | MeRIP-Seq |
RNA结合蛋白通过与单链RNA结合基序（RBM）的结合来控制多种细胞生物学进程，而RBM常被包埋在RNA的结构内部（单链RNA能将自身折叠成各种各样的复杂结构），从而抑制了RNA与蛋白的互作。腺嘌呤第6位氮原子的甲基化（m6A）是一种真核mRNA常见的内部修饰，m6A能被YTHDF2（YTH域家族蛋白2）识别进而影响细胞质mRNA的稳定性。
m6A调控RNA结构依赖的RBM进而影响RNA与蛋白的互作，研究人员将这种机制命名为“m6A开关”。他们发现m6A能就近改变mRNA和lncRNA的结构，从而促进异构核糖核蛋白C（HNRNPC）与其结合，HNRNPC是一种核RNA结合蛋白，负责pre-mRNA的加工。m6A修饰定位在RNA链将自身折叠成发夹环的地方，在这一m6A位点的对面是由5个连续的尿苷构成的核苷酸序列——HNRNPC特异识别的结合位点。
来自芝加哥大学的潘涛教授，利用PAR-CLIP和MeRIP方法，共检测到39060个m6A开关，并对METTL3/L14基因沉默细胞进行HNRNPC的PAR-CLIP，并检测到2798个m6A开关HNRNPC结合能力下降，推测m6A甲基转移酶的沉默（METTL3/L14 KD）使球状的m6A减少，进而降低了HNRNPC的结合活性。
左图为PAR-CLIP和MeRIP的流程简图，右上为可信m6A开关数，右中为m6A的结合基序，右下为m6A的调控模式图
PAR-CLIP是为了提高紫外交联效率，利用一些核苷衍生物，如4-硫-脲嘧啶的光交联效率远高于普通核苷酸的特性，在细胞培养物种加入4-硫-脲嘧啶，使其掺入到转录产物中，然后使用365nm的紫外光引发交联反应，同传统的254nm紫外光照射天然核酸相比，PAR-CLIP可将交联效率提高100-1000倍。
MeRIP-Seq（Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing，甲基化RNA免疫共沉淀测序）是基于抗体富集原理进行RNA甲基化检测的高通量测序方法，采用甲基化RNA免疫共沉淀技术，通过6-甲基腺嘌呤（anti-6mA）抗体特异性富集发生甲基化的RNA，然后通过高通量测序快速有效地寻找RNA上发生6mA的位点。
原文出处：
Do R, Stitziel NO, Won HH, Jørgensen AB, Duga S, Angelica Merlini P, Kiezun A, Farrall M, Goel A, Zuk O et al. (2014) Exome sequencing identifies rare LDLR and APOA5 alleles conferring risk for myocardial infarction. Nature doi: 10.1038/nature13917.
