The biogenesis and emerging roles of circular RNAs
CircRNA是一类环状的RNA分子，在植物、动物等真核生物中广泛存在，circRNA表达与包括疾病在内的多种生理过程密切相关，circRNA的产生机制及其功能逐渐成为研究热点。本次和大家分享非编码R…
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Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges
本文从生物信息分析和实验角度对circular RNA检出进行综述。 研究思路：1．讨论目前在实验和生物信息分析上可能导致的circular RNA错误检出；2．比较目前circular RNA检出软…
Argonaute CLIP Defines a Deregulated miR-122-Bound Transcriptome that Correlates with Patient Survival in Human Liver Cancer
miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA，长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合，会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面，从而造成基因的转录后调控，会造成数百个基因的表达…
Global translational reprogramming is a fundamental layer of immune regulation in plants
由于植物中不存在特异的免疫细胞，植物免疫系统的基础是植物的每一个细胞，它们在受到病原体入侵后转录组重塑的机制已经有比较深入的研究。但对于植物免疫反应过程中对蛋白翻译的调控才刚刚起步。
CELF1 preferentially binds to exon-intron boundary and regulates alternative splicing in HeLa cells
RNA结合蛋白（RBPs）参与到了转录后调控，包括RNA的可变剪接，RNA的空间折叠，从而导致RNA的表达量的变化。因此精确确定RBPs在RNA上的结合位置和结合特点是至关重要的。目前已经有成功解析R…
Maintenance of the marginal-zone B cell compartment specifically requires the RNA-binding protein ZFP36L1
RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中，研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能，通过对转录因子IRF8和…
Cancer-associated SF3B1 mutations affect alternative splicing by promoting alternative branchpoint usage
运用RNA-seq 技术并构建多个minigene进行一系列分子细胞学实验，探究SF3B1的突变对众多基因的前体mRNA 剪接的调控机制。 研究思路 1. 对大量的有SF3B1的突变肿瘤样本进行RNA…
Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges
该论文提出了一种全新的CLIP方法，称为enhanced CLIP (eCLIP)。该方法为RBPs在全基因组范围内的maps提供了一个更加强大，标准化的框架。显著的降低了测序过程中所需要扩增的次数，…
Acquired Tissue-Specific Promoter Bivalency Is a Basis for PRC2 Necessity in Adult Cells
通过对小鼠睾丸上皮绒毛和腺窝干细胞进行RNA-seq和CHIP-seq研究，发现基因的二价启动子在干细胞和组织特化细胞中的不同分布情况，以及组蛋白修饰marker在不同细胞中对基因表达调控的差异。
A Landscape of Pharmacogenomic Interactions in Cancer
研究者们利用TCGA、ICGC和其他已发表的高通量测序数据（图1），绘制了人类肿瘤的变异图谱。图谱信息包括以下几类癌症功能事件（Cancer Functional Events, CFE）：1、表现出…