RNA Duplex Map in Living Cells Reveals Higher-Order Transcriptome Structure

Chang团队的研究者们开发出了一种基于可逆补骨脂素交联(psoralen crosslinking)的方法PARIS,在活细胞中以近碱基对分辨率整体绘制RNA双联结构图谱。研究人员通过在三种人类和小鼠细胞类型中进行PARIS分析,描述了转录组内的常见远程结构、选择性构象及RNA-RNA反式相互作用。并通过对RNA结构进行进化分析,揭示了一些保守的RNA双联结构特征。

Systems genetics identifies a convergent gene network for cognition and neurodevelopmental disease

1.通过共表达调控网络的构建,建立了脑组织基因表达的module;
2. 采用多套脑组织相关的数据,其数据类型包括芯片、转录组、GWAS、外显子组,通过多套数据的组合分析,鉴定了2类基因modules(共1298个基因)与脑部认知疾病关联;
3. 同时对这1298个基因在不同脑部组织及脑部不同发育时期的基因表达模式也进行了分析;
4. 为GWAS和外显子数据的整合分析提供了很好的思路;

Systematic identification of factors for provirus silencing in embryonic stem cells

1. 原病毒(provirus),是存在于宿主染色体内的,潜在的病毒染色体组,可以从一代宿主细胞转移到另一代细胞中而不使宿主破裂。
2.前人的研究显示provirus在胚胎干细胞中的表达是受到抑制的,但具体的机制尚不清楚。
3.siRNA screen ,RNA-seq、chip-seq等成熟技术为系统性鉴定细胞调控因子提供了方便。

The primate-specific noncoding RNA HPAT5 regulates pluripotency during human preimplantation development and nuclear reprogramming

1. LncRNA 长度大于200nt的非编码RNA,Long intergenic noncoding RNAs (lincRNAs)是其中的一种。
2.二代测序技术给LncRNAs的鉴定与注释带来了极大的便利。
3.研究表明在人类的转录组中存在10000多种lincRNAs,其中2/3起源于转座子。
4.HPATs 属于lincRNAs,总共有23个成员,在胚囊的发育中有较高的表达量,但它们的功能的和作用机制都不清楚。

Discovery, Annotation, and Functional Analysis of Long Noncoding RNAs Controlling Cell-Cycle Gene Expression and Proliferation in Breast Cancer Cells

长链非编码RNAs (lncRNA)是一类长度大于200 bp,不编码蛋白质的RNA分子。大量的研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用。然而,到目前为止,各类细胞中的lncRNA种类、数量、功能都不明确。