高分辨率空间转录组Stereo-seq技术红利：仅仅用4个样本发IF9.4分文章

2024年是高分辨率空间转录组进入商业化的元年，Stereo-seq凭借：

✓ 500nm全球最高分辨率

✓ 厘米级大视场（最大13×13cm）

✓ 无物种限制

✓ 支持转录组&蛋白组同片共检测

已成为高分文章的“硬通货”，推动空间转录组进入技术红利期！

近期，《Genes & Diseases》”RAPID COMMUNICATION”栏目（注：专注于优先快速发表具备高度原创性、突破性和时效性的重要研究成果）发表了一项眼科领域突破成果，其核心突破并非来自传统大规模样本堆砌，而是源于Stereo-seq空间转录组技术的革命性优势：

▶ 技术红利实证：仅需4例样本（实际仅为2个Stereo-seq芯片）即完成了首个人眼房水循环系统空间单细胞图谱绘制，微量样本发高分文章成为可能。

▶ 高分辨率决定突破性发现：传统技术无法识别的TM区域功能异质性和青光眼致病基因空间定位，均被Stereo-seq纳米级分辨率精准解析。

01 **原文概览/*OVERVIEW***

英文标题：Profiling the cell diversity and tissue structure of aqueous humor circulatory system in human eyes using spatial single-cell RNA sequencing

中文标题：使用空间单细胞 RNA 测序分析人眼房水循环系统的细胞多样性和组织结构

期刊：Genes & Diseases

影响因子IF：9.4 Q1

发表时间：2024.8

DOI：10.1016/j.gendis.2024.101304

02 **技术路线/ *APPROACH***

-技术平台：采用纳米级分辨率空间转录组测序技术Stereo-seq，结合半自动化空间组学方法GEM3D-toolkit，实现亚细胞水平基因表达分析。

-样本处理：4例人眼样本的小梁网（TM）及周围组织制备为2个Stereo-seq芯片（10μm），同步进行Stereo-seq和H&E染色验证组织形态。

-数据分析：通过经典标记基因鉴定细胞类型，并采用Harmony算法整合TM亚群，重点解析了TM功能分区、青光眼相关基因表达及细胞外基质调控机制。

03 **突破发现/*RESULTS***

1 人眼房水循环系统的空间细胞组成

利用纳米级空间转录组技术（Stereo-seq），通过 GEM3D-toolkit 实现单细胞分割，获得60,638个细胞（Chip1: 32,081；Chip2: 28,557），覆盖24,775基因。

研究鉴定出15种细胞类型，包括平滑肌细胞、虹膜色素上皮、睫状肌、睫状体上皮、角膜上皮、小梁网（TM）细胞、成纤维细胞、雪旺细胞等。

2 重新定义小梁网（TM）的功能亚群

TM并非均质结构，而是分为2个功能与空间异质的亚群：

–前部TM区（Anterior TM area）：位于TM前端，高表达纤维化相关和黑色素生成标记基因（如CFD、TYRP1），可能作为房水流出的过渡区，基因富集分析表明，该区域参与细胞-底物黏附、结缔组织形成、对转化生长因子-β和氧水平的敏感性以及细胞-细胞WNT信号等生物学功能。

-近小管连接区TM（Near-juxtacanalicular TM area）：毗邻Schlemm管，特异性高表达房水流出功能基因（CHI3L1、ANGPTL7、MYOC），并富集黑色素合成、脂类代谢及细胞外基质重塑通路。免疫组化验证证实CFD在前部TM高表达，而MYOC在近小管区优势表达。

-空间互作新机制：近小管TM与雪旺细胞空间相邻，暗示神经调控可能参与房水引流。