The biogenesis and emerging roles of circular RNAs

CircRNA是一类环状的RNA分子,在植物、动物等真核生物中广泛存在,circRNA表达与包括疾病在内的多种生理过程密切相关,circRNA的产生机制及其功能逐渐成为研究热点。本次和大家分享非编码RNA领域杰出科学家,中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲于2016年2月发表在NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY的综述论文,跟着大牛一起快速了解circRNA领域的研究进展、存在的问题、未来的研究方向。

Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges

本文从生物信息分析和实验角度对circular RNA检出进行综述。
研究思路:1.讨论目前在实验和生物信息分析上可能导致的circular RNA错误检出;2.比较目前circular RNA检出软件的特点和不足;3.提出测试circular RNA检测是否准确的方法。
文章亮点:1.阐述了检测circular RNA时实验可能造成的误差;2.阐述了生物信息分析方法对circular RNA检测的影响,并且从多个角度比较了部分目前检测circular RNA的软件。3.提出测试circular RNA检测是否准确的方法。

Argonaute CLIP Defines a Deregulated miR-122-Bound Transcriptome that Correlates with Patient Survival in Human Liver Cancer

miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA,长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合,会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面,从而造成基因的转录后调控,会造成数百个基因的表达抑制。miR-122在肝脏中的功能研究已经比较多,尤其是在肝癌发生过程中的研究。miR-122的敲除并不会太大影响肝脏的发育和功能,但会造成年轻人的肝脏炎症反应以及脂肪肝,在年老人群中,会进一步引起肝癌。在肝癌病人中,前人也发现了miR-122的低表达。综合上述结果,miR-122被认为是一个抑癌因子,而且可以进一步作为肝癌治疗的一种药物靶点。但是到目前为止,miR-122在肝脏中的调控网络,以及作用的靶基因之间的关系还不是很完善。

CELF1 preferentially binds to exon-intron boundary and regulates alternative splicing in HeLa cells

RNA结合蛋白(RBPs)参与到了转录后调控,包括RNA的可变剪接,RNA的空间折叠,从而导致RNA的表达量的变化。因此精确确定RBPs在RNA上的结合位置和结合特点是至关重要的。目前已经有成功解析RBP结合位点的方法,如CLIP-seq。但CLIP-seq也有很多的缺陷:如实验复杂,成功率低,文库的丰富度不够。和CLIP-seq比较类似的RIP-seq,虽然少了一些步骤,但获得的结果和CLIP-seq比较类似。最近有一项研究报道,使用DO-RIP-seq技术,也可以成功地获得RBPs的结合位点。而且能够获得更好的丰富度,这为RIP-seq分析RBPs的结合位点提供了方案和依据。

Maintenance of the marginal-zone B cell compartment specifically requires the RNA-binding protein ZFP36L1

RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中,研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能,通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制,调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达,控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径,促进细胞特征维持的调控机制。