技术简介
LC-MS/MS蛋白鉴定使用高分辨液相色谱-质谱联用系统对目的条带进行质谱检测分析，按照蛋白丰度排序的蛋白质鉴定列表方式进行报告反馈。其基本原理是利用质谱仪得到二级质谱的离子峰分布来鉴定样品中的肽段，进而鉴定蛋白种类。
技术优势
✔ 检测灵敏
✔ 准确度高
✔ 蛋白鉴定列表按照蛋白丰度参考值排序，利于筛选
实测数据
案例解析
鉴定与靶标蛋白DDX58相互作用的蛋白质。为了实现这一目标，选取两种细胞系（一种为稳定表达带HA标签DDX58蛋白的293细胞系，命名为实验组T；另一种为常规293细胞系，命名为对照组C），用HA抗体分别免疫共沉淀实验组T及对照组C，收集蛋白洗脱液，溶液内酶解后，通过质谱分析，排除非特异性结合蛋白，最终筛选出与DDX58相互作用的蛋白。
在实验组T和对照组C中鉴定到的蛋白可以分为两大类：一类是在T组含量比在C组多的蛋白，另一类则是含量相当或在C组更多的蛋白。根据实验目的，需要关注的蛋白是第一类，作为互作的候选蛋白。部分鉴定结果如下表所示，靶标蛋白DDX58只在实验组T中被检测到，ACTN4、SFPQ、SND1则可能是DDX58的相互作用蛋白。基于蛋白质丰度越高，采集到的二级谱图数越多的原则，我们采用谱图计数方法进行蛋白含量相对比较，结果见下表：
