技术简介

Label free非标记定量技术无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。典型适应于大队列临床血液/尿液样本、细胞亚组分/外泌体的蛋白质组学定量分析，以及基于亲和纯化的蛋白互作组学分析。

技术优势

✔ 无样品数量限制
✔ 制样简便，不同样品分别处理
✔ 不需标记，通量高

实测数据

案例解析

▶ 蛋白组学揭示了通过p97/VCP抑制下调的特定细胞周期癌蛋白（Cell Chemical Biology，2022，IF=9.039）

该研究利用蛋白质组学分析，系统地比较了p97shRNA敲除(KD)和三种p97抑制剂(CB-5083、NMS-873和UPCDC-30245)与蛋白酶体抑制剂MG132在HCT116结肠癌细胞中的作用。
使用非标记定量（LFQ）蛋白质组学分析以全面衡量p97 KD的功能影响，共定量到6,884 种蛋白质。与对照组相比，p97 KD HCT116细胞中鉴定了410种显著上调的蛋白质和356种显著下调的蛋白质（p值<0.05）。 差异分析证实 p97蛋白下调了78%，ATF3和DDIT3 (CHOP)蛋白上调超过10倍（图1A）。这些蛋白质的变化与WB结果一致。通路富集分析发现，三个关键的未折叠蛋白反应(UPR)途径（PERK、ATF6和IRE1a）中富集到的差异蛋白均上调，表明p97缺失激活了所有三个UPR通路(图1B)。此外还发现大多数细胞周期相关蛋白被p97kD下调，包括MCM复合体(图1D)。这一发现与p97 kD细胞较低的增殖率以及p97在DNA复制中的重要作用是一致的。