RNA结合蛋白是什么?

RNA结合蛋白(RNA binding proteins, RBPs)是指在细胞中能够与双链或单链RNA结合并形成核糖核蛋白复合物的一大类蛋白。 RNA结合蛋白可以与circRNA,lncRNA,miRNA非编码RNA结合互作,同时和当下肿瘤免疫,T细胞免疫治疗法,m6A修饰,单细胞测序,可变剪切,CRISPR-Cas9,等很多热点都有密切关系,并有重大发现,很值得我们深入研究。 没有RBPs,RNA无法发挥任何生理作用。

特色服务——RBP的iRIP数据包

iRIP-seq(Improved RIP-seq)是我们自主开发用于研究RBPs的新技术,该技术既实现了CLIP-seq的精准度,又保留了RIP-seq 简单性。 iRIP-seq技术可以鉴定与特定RBP相互作用的RNA,获得结合基序、结合强度和结合靶标等信息,可以为沉默/过表达产品的分析结果提供更稳固和更直接的证据,从整体水平研究RBP的功能和作用机制。

与RBP相关的疾病列表

  • 耳鼻喉科
  • 眼科
  • 呼吸科
  • 肾病科
  • 内分泌科
  • 神经内科
  • 神经外科
  • 精神科
  • 肿瘤
  • 血液病科
  • 风湿免疫科
  • 其他
  • 听觉损伤,耳聋,耳疾,过敏性鼻炎,鼻疾,咽喉疾病,颈部疾病等
  • 白内障,青光眼,视网膜色素变性等
  • 慢性阻塞性肺疾病,哮喘,肺纤维化等
  • 肾损伤,肾衰竭等
  • 糖尿病,甲状腺机能亢进,骨质疏松症等
  • 阿兹海默症,肌肉萎缩性侧索硬化症,脊髓性肌萎缩症,帕金森病,多动症等
  • 脑血肿,动脉瘤,烟雾病,癫痫,胶质瘤,垂体瘤等
  • 精神分裂症,自闭症,抑郁症等
  • 胰腺癌,结肠癌,膀胱癌,肺癌,乳腺癌,食管癌,肝癌,胃癌,甲状腺癌,卵巢癌等
  • 骨髓增生异常综合征,白血病,淋巴瘤,再生障碍性贫血等
  • 系统性红斑性狼疮,高尿酸血症,骨关节炎,类风湿性关节炎等
  • 心血管,消化系统,骨科,泌尿系统,产科,儿科疾病等

超值配套服务

  • 高通量数据解读指导
  • 对结题报告进行视频培训和个性化解读指导,提升将数据转化为科学发现的能力。
  • 个性化文章支持
  • 可根据您的需要,利用瑞兴生物的组学基础知识,强大的科学研究团队,还有专业的生物大数据分析团队,解读数据;有助于精准找到研究创新点,将RBP数据中的科学价值发挥到极致!
  • 延申设计
  • 我们拥有研究RBP的专业团队,可根据您的科研需要,结合不同的实验技术设计研究方案;而且RBP功能多样,作用机制复杂,毫不夸张的说,选定一个RBP,您的团队可以一直研究下去。

案例解析

案例解析1

文章概述:
在本研究中,作者旨在阐明与IGF2BP2发生相互作用的转录本、全转录组以及GCs中的可变剪接,从而揭示PCOS发病的潜在机制。

材料与方法:采用定量反转录PCR (RT-qPCR)和Western Blot检测PCOS患者GCs中IGF2BP2的表达。通过RNA免疫沉淀测序(RIP-seq)和RNA测序(RNA-seq)捕获了IGF2BP2相互作用的转录本、全转录组以及可变剪接。转染过表达IGF2BP2质粒和核因子1 c型(NFIC) siRNA的KGN细胞,并利用CCK-8、EdU和TUNEL进行检测。

结果展示

作者在KGN细胞中通过RIP-seq分析了与IGF2BP2相互作用的转录本,免疫沉淀表明IGF2BP2主要与mRNA的3’和5’UTR结合。

图一利用RNA免疫沉淀测序分析IGF2BP2的结合谱和结合基序

IGF2BP2调控NFIC的AS,进一步促进GCs增殖

二: IGF2BP2过表达调控NFIC的可变剪接

结论:

在本研究中,作者在KGN细胞中通过RIP-seq和RNA-seq分析了RNA结合蛋白IGF2BP2相互作用的转录本和全转录组及AS。值得注意的是,其研究证明了IGF2BP2通过调节PCOS中NFIC的AS促进GC增殖。研究结果为PCOS的发病机制研究提供了新的见解,并为PCOS新的诊断标志物和治疗靶点提供了机会。

案例解析2

文章概述:

编码NR3C1的糖皮质激素受体具有RNA结合蛋白和转录因子的双重作用,最近的研究表明NR3C1可能在创伤后应激障碍(PTSD)的发病机制中发挥重要作用应激障碍。在本研究中,将NR3C1过表达质粒转染HT22细胞,构建神经元细胞模型,通过RNA测序分析NR3C1过表达后HT22细胞整体转录水平的变化和选择性剪接事件。结果表明,NR3C1可以调控炎性转录因子的表达及选择性剪接模式,进而影响下游靶标的表达,可能导致PTSD的发生。本研究将为研究nr3c1介导的基因调控与PTSD的关系提供新的思路。

结果展示

RNA-seq结果展示

可变剪接和reads分布图