单细胞全序列转录组 scFAST-seq

单细胞全序列转录组

在提升基因全长检测范围的同时，扩展 lncRNA、病毒和组蛋白 mRNA 等非 polyA RNA 的检测能力——适用于肿瘤突变溯源、共突变、病原感染与宿主互作、lncRNA 调控网络、用药指导与 biomarker 筛选等研究。

scFAST-seq

12N7K 半随机引物

全长覆盖

non-polyA RNA

突变 + 可变剪接

样本类型	建议送样量	保存与运输
新鲜实体组织推荐	≥ 200 mg（穿刺样本建议 2 条以上；特殊组织见下方细则）	PBS 或生理盐水洗去血液后，放入加满组织保存液（MACS Tissue Storage Solution，货号 130-100-008）的样本保存管中，完全浸没样本，封口膜密封，泡沫纸 / 棉花缠裹防震，禁止样本直接接触冰袋；泡沫盒内放 2~3 个 −20℃ 预冷生物冰袋 4 ℃ 运输（不可用 −80℃ 冰袋，会冻伤组织），顺丰 48 h 内可达优先，超 48 h 建议高铁快送
新鲜血液 / 骨髓	人全血 4–6 mL、小鼠 ≥ 1 mL（其他物种 1–5 mL）；骨髓血 4–6 mL、骨髓组织 ≥ 200 mg	紫头 EDTA 抗凝管，冰袋（2–8 ℃）湿冰运输，24 h 内送达；默认提取 PBMC，48 h 内寄送仍可处理，骨髓组织运输同新鲜实体组织，冲出的骨髓细胞按悬液样本同血液寄送；24 h 后中性粒细胞偏高风险增加（关注粒细胞请提前沟通）
细胞系 / 单细胞悬液	浓度 700–1,200 个/μL，总量 10 万以上；活性 > 90%、结团率 < 10%、有核率 > 70%、直径 5–40 μm	低吸附无 RNA 酶管，冰袋湿冰运输（参考血液类）；培养细胞用培养瓶装满培养基常温运输，夏季防高温、冬季防冻
冻存组织	≥ 200 mg	修剪出目的组织、无菌纸吸干表面水分，液氮速冻后 −80 ℃ 保存，干冰运输；建议使用冻存 1 个月内样本，需通过 total RNA 质检（RIN > 7）
冻存细胞	活细胞 ≥ 1×10⁶（冻存复苏有损耗，活性越高越好）	细胞冻存液梯度冻存、液氮保存，干冰运输，避免室温久置；送样后一个月内处理
特殊组织送样量细则（常规 ≥ 200 mg 之外）
需加量组织	正常肠 / 胃 > 300 mg；皮肤 / 黑色素瘤 > 300 mg；胆管胆囊 > 300 mg；生殖类 / 胎盘蜕膜 > 300 mg；脂肪 > 300 mg；动脉 / 静脉 / 血栓 / 心脏瓣膜 > 400 mg；硬骨 / 软骨、肌腱韧带 > 500 mg；牙龈 / 牙根髓 > 50 mg；眼科人 > 50 mg（小鼠每次 2 只 4 个组织）
建议抽核的组织	脑（关注神经元）、心 / 肝（功能细胞较大）、心肌与肌肉、成熟脂肪等建议抽核送样；小鼠心 / 肝取样建议灌注去除组织间血液

样本类型

建议送样量

保存与运输

新鲜实体组织推荐

≥ 200 mg（穿刺样本建议 2 条以上；特殊组织见下方细则）

PBS 或生理盐水洗去血液后，放入加满组织保存液（MACS Tissue Storage Solution，货号 130-100-008）的样本保存管中，完全浸没样本，封口膜密封，泡沫纸 / 棉花缠裹防震，禁止样本直接接触冰袋；泡沫盒内放 2~3 个 −20℃ 预冷生物冰袋 4 ℃ 运输（不可用 −80℃ 冰袋，会冻伤组织），顺丰 48 h 内可达优先，超 48 h 建议高铁快送

新鲜血液 / 骨髓

人全血 4–6 mL、小鼠 ≥ 1 mL（其他物种 1–5 mL）；骨髓血 4–6 mL、骨髓组织 ≥ 200 mg

紫头 EDTA 抗凝管，冰袋（2–8 ℃）湿冰运输，24 h 内送达；默认提取 PBMC，48 h 内寄送仍可处理，骨髓组织运输同新鲜实体组织，冲出的骨髓细胞按悬液样本同血液寄送；24 h 后中性粒细胞偏高风险增加（关注粒细胞请提前沟通）

细胞系 / 单细胞悬液

浓度 700–1,200 个/μL，总量 10 万以上；活性 > 90%、结团率 < 10%、有核率 > 70%、直径 5–40 μm

低吸附无 RNA 酶管，冰袋湿冰运输（参考血液类）；培养细胞用培养瓶装满培养基常温运输，夏季防高温、冬季防冻

冻存组织

≥ 200 mg

修剪出目的组织、无菌纸吸干表面水分，液氮速冻后 −80 ℃ 保存，干冰运输；建议使用冻存 1 个月内样本，需通过 total RNA 质检（RIN > 7）

冻存细胞

活细胞 ≥ 1×10⁶（冻存复苏有损耗，活性越高越好）

细胞冻存液梯度冻存、液氮保存，干冰运输，避免室温久置；送样后一个月内处理

特殊组织送样量细则（常规 ≥ 200 mg 之外）

需加量组织

正常肠 / 胃 > 300 mg；皮肤 / 黑色素瘤 > 300 mg；胆管胆囊 > 300 mg；生殖类 / 胎盘蜕膜 > 300 mg；脂肪 > 300 mg；动脉 / 静脉 / 血栓 / 心脏瓣膜 > 400 mg；硬骨 / 软骨、肌腱韧带 > 500 mg；牙龈 / 牙根髓 > 50 mg；眼科人 > 50 mg（小鼠每次 2 只 4 个组织）

建议抽核的组织

脑（关注神经元）、心 / 肝（功能细胞较大）、心肌与肌肉、成熟脂肪等建议抽核送样；小鼠心 / 肝取样建议灌注去除组织间血液

Nature
Communications

IF 18.1 2025 · 北京市神经外科研究所 / 北京天坛医院谢微嫣、李储忠团队 & 国家生物信息中心刘肇祺团队

单细胞全序列转录组解析垂体神经内分泌肿瘤：剪接多样性增强分子分类

Splicing diversity enhances the molecular classification of pituitary neuroendocrine tumors

样本设计264 例 PitNET 患者 + 4 例正常垂体行 bulk RNA 测序（涵盖 3 个 TF 谱系、10 种临床病理亚型）；180 例独立验证队列；14 例 PitNET + 2 例正常垂体行单细胞全序列转录组测序，鉴定 13 个主要细胞簇
研究背景垂体神经内分泌瘤（PitNETs）是常见颅内肿瘤，现有病理学分类依赖组织学激素染色和转录因子表达，无法完全捕获其肿瘤异质性

研究发现

PitNET 表现出广泛的剪接多样性，剪接特征在区分亚型上优于整体基因表达，并在 180 例独立验证队列中得到证实
单细胞全序列测序证实亚型特异性剪接景观：相同剪接模式在细胞簇间复制、肿瘤间亚型完美匹配，总结出 45 个高置信度亚型特异性剪接事件
剪接失调与 RBP 活性密切相关：ESRP1 是塑造 TPIT 谱系剪接多样性的关键调控因子（82% 的 TPIT 相关剪接事件含 ESRP1 结合基序，敲低 / 过表达实验验证）
依据剪接特性细分沉默型 ACTH 亚组：ESRP1 低表达 / 高 PSI 组预后更差，为 PitNET 分类与预后评估提供新依据

阅读原文　doi: 10.1038/s41467-025-56821-x →

单细胞全序列转录组

技术简介

技术优势

实现转录组全长覆盖

lncRNA 的检出数量和丰度增加

提高 mRNA 和 lncRNA 可变剪接事件检出率

构建 lncRNA-mRNA 调控网络

实现跨物种研究（可检出病毒序列）

提高突变的检出

研究领域

单细胞水平突变检测研究

non-polyA mRNA 检测研究

Noncoding RNA 检出

Splice junctions 检出

实验流程

方案设计

样本制备

细胞质检

液滴捕获与逆转录

建库测序

分析交付

样本要求

分析内容

标准分析 STANDARD

高级分析 ADVANCED

应用案例

单细胞全序列转录组解析垂体神经内分泌肿瘤：剪接多样性增强分子分类

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