PRM 靶向蛋白质组定量（平行反应监测验证与绝对定量）

靶向蛋白组学定量 PRM

组学筛完之后，最难的一步是验证。Western Blot 需要好抗体、一个蛋白一个蛋白做；ELISA 定量准但一次只能测一个。PRM 走的是另一条路：不依赖抗体，用高分辨质谱盯着目标肽段的特征离子看，一次能测几十个蛋白，还能做相对或绝对定量。它是组学数据和 WB / ELISA 之间的那座桥。

不依赖抗体

unique peptide 定量

一次几十个蛋白

可与 WB/ELISA 互补

周期明确

样本类型	常规送样量	最低送样量	说明
蛋白溶液 / 蛋白量	≥50 µg	≥30 µg（仅做蛋白鉴定 ≥10 µg）	浓度不低于 0.1 µg/µL；澄清、无色、不粘稠；−20 ℃ 保存，冰袋送样
组织	≥50 mg	5–10 mg	液氮速冻后 −80 ℃ 保存，干冰寄送；脂肪、骨、皮肤等特殊组织加量
细胞	≥1×10⁶	≥1×10⁵	细胞沉淀干体积 ≥20 µL；PBS 洗两遍后离心去上清，液氮速冻
血浆 / 血清	≥100 µL	≥50 µL	避免溶血；采血后尽快分离，最晚 48 h 内完成，防止蛋白降解
外泌体	≥2×10⁹ 颗粒（NTA）	≥1×10⁹ 颗粒	相当于 BCA 蛋白总量 40 µg / 20 µg；分离后加 100 µL PBS 保存，不超过 200 µL
FFPE 切片	10 片以上	—	每片厚 10 µm、组织面积 1 cm²（约 10 µg/片）
IP Beads	正常 IP 后的干 Beads	—	PBS 洗三遍后去掉上清保留干 Beads，取 3/4 送样，−20 ℃ 冰袋寄送

样本类型

常规送样量

最低送样量

说明

蛋白溶液 / 蛋白量

≥50 µg

≥30 µg（仅做蛋白鉴定 ≥10 µg）

浓度不低于 0.1 µg/µL；澄清、无色、不粘稠；−20 ℃ 保存，冰袋送样

组织

≥50 mg

5–10 mg

液氮速冻后 −80 ℃ 保存，干冰寄送；脂肪、骨、皮肤等特殊组织加量

细胞

≥1×10⁶

≥1×10⁵

细胞沉淀干体积 ≥20 µL；PBS 洗两遍后离心去上清，液氮速冻

血浆 / 血清

≥100 µL

≥50 µL

避免溶血；采血后尽快分离，最晚 48 h 内完成，防止蛋白降解

外泌体

≥2×10⁹ 颗粒（NTA）

≥1×10⁹ 颗粒

相当于 BCA 蛋白总量 40 µg / 20 µg；分离后加 100 µL PBS 保存，不超过 200 µL

FFPE 切片

10 片以上

—

每片厚 10 µm、组织面积 1 cm²（约 10 µg/片）

IP Beads

正常 IP 后的干 Beads

—

PBS 洗三遍后去掉上清保留干 Beads，取 3/4 送样，−20 ℃ 冰袋寄送

案例一

IF 3.5 Transl Lung Cancer Res · 临床血清 / 疗效预测

Identification of serum biomarkers to predict pemetrexed/platinum chemotherapy efficacy for advanced lung adenocarcinoma patients

通过 DIA 质谱分析与 PRM 验证，鉴定预测培美曲塞/铂类化疗疗效的血清生物标志物

期刊：Translational Lung Cancer Research（IF 3.5，2024 JCR）　·　发表时间：2021 年（10 卷 2 期，981–994）　·　阅读原文：doi.org/10.21037/tlcr-21-153

研究设计：培美曲塞/铂类是晚期肺腺癌的标准化疗方案，但疗效个体差异很大。作者对 20 例接受该方案的患者血清做 DIA 蛋白质组学检测，比较化疗响应良好组（PR）与响应差组（PD），筛出差异蛋白；再对候选标志物做 PRM 靶向验证——验证队列包括原 20 例和一批新增患者，合计 42 例（PR 28 例、PD 14 例），共验证 16 个候选蛋白。

核心结果：DIA 阶段共得到 23 个差异蛋白，其中 7 个用于预测治疗响应的 ROC AUC 高于 0.8。PRM 验证与 DIA 结果表现出较好的一致性，10 个差异蛋白显示出相同的上调或下调方向。最终确认了一批能较好反映晚期肺腺癌治疗响应的潜在蛋白标志物。

这个案例的验证逻辑值得照搬：先用 DIA 在小组队列里“发现”，再用 PRM 在“原队列 + 独立扩展队列”里“验证”，并且要求前后两次的方向一致——这是蛋白标志物类课题最稳的组合。如果只做 DIA 不做 PRM，结论在审稿人那里通常过不了关；反过来只做 PRM 不做发现，又不知道该测哪些蛋白。

16 个候选血清蛋白在化疗响应良好组（PR，n=28）与响应差组（PD，n=14）中的 PRM 定量分布散点图 — 16 个候选蛋白的 PRM 定量：PR 与 PD 两组的分布差异

单细胞多组学

空间组学

三代测序

转录组与功能基因组

表观遗传组

互作组

蛋白组

代谢组

微生物组

细胞分子实验

靶向蛋白组学定量 PRM

技术简介

技术优势

依据 unique peptide 进行定量，结果更可靠

一次可检测几十个蛋白

不依赖抗体

周期明确、风险可控

可与绝对定量衔接

和 DIA / TMT 数据天然衔接

技术流程

蛋白提取

酶解

DDA 建库

PRM 采集

Skyline 定量

统计与质控

样本要求

应用案例

Identification of serum biomarkers to predict pemetrexed/platinum chemotherapy efficacy for advanced lung adenocarcinoma patients

应用案例二

Plasma proteomic characterization of colorectal cancer patients with FOLFOX chemotherapy by integrated proteomics technology

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