LFQ 非标记定量蛋白质组（Label-free 定量，无样本数上限）

LFQ 非标记定量蛋白质组

样本有几十上百例的时候，标记定量就不够用了——没有那么多通道。LFQ 走的是另一条路：每个样本单独上机，事后比较同一肽段的信号强度。不需要昂贵同位素试剂，也不受样本数量限制，特别适合大队列临床样本和细胞亚组分、外泌体这类拿不到太多材料的样本。

无样本数上限

不需同位素标记

制样简便

大队列适用

外泌体/亚组分

样本类型	常规送样量	最低送样量	说明
蛋白溶液 / 蛋白量	≥50 µg	≥30 µg（仅做蛋白鉴定 ≥10 µg）	浓度不低于 0.1 µg/µL；澄清、无色、不粘稠；−20 ℃ 保存，冰袋送样
组织	≥50 mg	5–10 mg	液氮速冻后 −80 ℃ 保存，干冰寄送；脂肪、骨、皮肤等特殊组织加量
细胞	≥1×10⁶	≥1×10⁵	细胞沉淀干体积 ≥20 µL；PBS 洗两遍后离心去上清，液氮速冻
血浆 / 血清	≥100 µL	≥50 µL	避免溶血；采血后尽快分离，最晚 48 h 内完成，防止蛋白降解
外泌体	≥2×10⁹ 颗粒（NTA）	≥1×10⁹ 颗粒	相当于 BCA 蛋白总量 40 µg / 20 µg；分离后加 100 µL PBS 保存，不超过 200 µL
FFPE 切片	10 片以上	—	每片厚 10 µm、组织面积 1 cm²（约 10 µg/片）
IP Beads	正常 IP 后的干 Beads	—	PBS 洗三遍后去掉上清保留干 Beads，取 3/4 送样，−20 ℃ 冰袋寄送

样本类型

常规送样量

最低送样量

说明

蛋白溶液 / 蛋白量

≥50 µg

≥30 µg（仅做蛋白鉴定 ≥10 µg）

浓度不低于 0.1 µg/µL；澄清、无色、不粘稠；−20 ℃ 保存，冰袋送样

组织

≥50 mg

5–10 mg

液氮速冻后 −80 ℃ 保存，干冰寄送；脂肪、骨、皮肤等特殊组织加量

细胞

≥1×10⁶

≥1×10⁵

细胞沉淀干体积 ≥20 µL；PBS 洗两遍后离心去上清，液氮速冻

血浆 / 血清

≥100 µL

≥50 µL

避免溶血；采血后尽快分离，最晚 48 h 内完成，防止蛋白降解

外泌体

≥2×10⁹ 颗粒（NTA）

≥1×10⁹ 颗粒

相当于 BCA 蛋白总量 40 µg / 20 µg；分离后加 100 µL PBS 保存，不超过 200 µL

FFPE 切片

10 片以上

—

每片厚 10 µm、组织面积 1 cm²（约 10 µg/片）

IP Beads

正常 IP 后的干 Beads

—

PBS 洗三遍后去掉上清保留干 Beads，取 3/4 送样，−20 ℃ 冰袋寄送

案例解析

IF 7.2 Cell Chem Biol · 药物机制 / 细胞模型

Temporal proteomics reveal specific cell cycle oncoprotein downregulation by p97/VCP inhibition

时序蛋白质组学揭示 p97/VCP 抑制对特定细胞周期癌蛋白的下调作用

期刊：Cell Chemical Biology（IF 7.2，2024 JCR）　·　发表时间：2022 年 3 月（29 卷 3 期，517–529.e5）　·　阅读原文：doi.org/10.1016/j.chembiol.2021.11.005

研究设计：用蛋白质组学系统比较了 p97 shRNA 敲低（KD）与三种 p97 抑制剂（CB-5083、NMS-873、UPCDC-30245）、以及蛋白酶体抑制剂 MG132 在 HCT116 结肠癌细胞中的作用。用非标记定量（LFQ）蛋白质组学全面衡量 p97 敲低的功能影响，共定量到 6,884 种蛋白质。

核心结果：与对照组相比，p97 敲低的 HCT116 细胞中鉴定出 410 种显著上调蛋白和 356 种显著下调蛋白（p < 0.05）。差异分析证实 p97 蛋白本身下调 78%，ATF3 与 DDIT3（CHOP）上调超过 10 倍，这些变化与 Western Blot 结果一致。通路富集发现三个关键未折叠蛋白反应（UPR）通路——PERK、ATF6、IRE1α——富集到的差异蛋白均上调，说明 p97 缺失激活了全部三条 UPR 通路。此外，大多数细胞周期相关蛋白被 p97 敲低下调，包括 MCM 复合体，与 p97 KD 细胞较低的增殖率一致。

这个案例值得注意的地方：它同时比较了基因敲低与三种不同抑制剂——这是判断“药物是否真的通过靶点起效”的标准做法（on-target 效应）。LFQ 在这里承担的是全蛋白组的无偏读出，6,884 个蛋白给出的是全局图景，而不是预设的几个指标；随后每个关键结论都有 WB 兜底，这才是蛋白组数据该有的用法。

p97/VCP 抑制的 LFQ 蛋白组结果：敲低组与对照组的火山图、UPR 三条通路差异蛋白的维恩图、差异蛋白 KEGG 通路富集条形图、细胞周期与泛素化相关蛋白表达热图 — 从 LFQ 全局差异到 UPR 通路与细胞周期蛋白的读法（A–D）

单细胞多组学

空间组学

三代测序

转录组与功能基因组

表观遗传组

互作组

蛋白组

代谢组

微生物组

细胞分子实验

LFQ 非标记定量蛋白质组

技术简介

技术优势

无样品数量限制

制样简便，不同样品分别处理

不需标记，通量高

适合微量与特殊样本

数据可回溯

与 DIA 互补

技术流程

蛋白提取

酶解

质谱检测

数据库检索

质量评估

基础数据分析

样本要求

应用案例

Temporal proteomics reveal specific cell cycle oncoprotein downregulation by p97/VCP inhibition

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