| 你想回答的问题 | 做哪个 | 读出什么 |
|---|---|---|
| 这个基因/转录本的表达变了多少 | 荧光定量 PCR | 相对表达量(2−ΔΔCt)、剪接异构体比值 |
| 这个转录本在细胞里的哪个位置、有多少个点 | FISH 原位杂交 | 亚细胞定位、每细胞信号点数、与蛋白的共定位 |
| 这个因子/miRNA 是不是直接作用在这段序列上 | 双荧光素酶报告基因 | Firefly/Renilla 比值,野生型与突变型的差 |
| 整体代谢、肝肾功能的指标有没有跟着变 | 生化检测 | 血糖、血脂、肝肾功能等浓度值(mmol/L 等) |
在课题里的位置各有不同:细胞模型构建和细胞功能实验做完之后,qPCR/FISH/双荧光素酶常用来解释"为什么";动物实验或临床样本的整体评估,多配生化检测。做不做、做几项,跟着课题设计走,不必凑齐。
PCR 每完成一个循环,产物就多一点。qPCR 是在体系里加荧光染料或探针,每个循环读一次荧光,把"产物随循环数增长"这条曲线实时画出来。曲线越过阈值时的循环数就是 Ct:起始模板越多,越早越过阈值,Ct 越小。
所以 Ct 本身不是表达量,要先用内参基因归一化、再和对照组比,才得到相对表达量(2−ΔΔCt)。真正决定这一次 qPCR 能不能用的,是三个前置条件:RNA 质量、引物特异性、内参选择——RNA 降解会让 Ct 整体后移,引物不特异会让熔解曲线出双峰,内参在处理条件下变了,所有结论跟着偏。
浓度、A260/280、完整性一并记录,不合格不进入下一步。
熔解曲线单峰、标准曲线效率 90–110%,引物序列随报告交付。
同批样本统一逆转录,复孔上机,扩增曲线全数留档。
内参归一化、算 2−ΔΔCt、做显著性检验。
柱状图带误差线与显著性标记,扩增/熔解曲线随原始数据交付。
FISH(荧光原位杂交)是用荧光基团标记一段与靶序列互补的核酸探针,进到细胞里与靶 DNA 或 RNA 杂交,再在荧光显微镜或共聚焦下看信号。信号出现在哪个位置、有多少个点、和哪个蛋白重叠,都是信息——这是把样本磨碎做 qPCR 拿不到的东西。
做 DNA 的 FISH 看染色体层面的事:基因重排与融合、扩增、缺失、着丝粒计数。做 RNA 的 FISH 看转录本在细胞里的分布:核内还是胞质、有没有聚成点、和某个蛋白是否共定位。后者常和免疫荧光一起做——探针给 RNA,抗体给蛋白,一张 Merge 就能说明"这两个东西在同一个位置"。
报告基因实验回答的是一个很具体的问题:这段序列和这个因子之间,有没有直接作用。做法是把待验证的序列挂到萤火虫荧光素酶(Firefly)基因的上游或下游,转进细胞看酶活变不变;同时转一个海肾荧光素酶(Renilla)作内参,用两者比值消除转染效率和细胞数带来的组间误差。
两条常用路线:① 启动子区——把靶基因的 5' 启动子或转录因子结合元件克隆到 Luc 上游,与转录因子过表达质粒共转;野生型荧光升高、结合位点突变型不升高,说明这个位点就是该转录因子的作用位点。② 3'UTR——把 3'UTR 或 lncRNA 结合序列克隆到 Luc 下游,与 miRNA mimics 共转;野生型荧光下降、突变型不变,说明 miRNA 通过这个位点调控。
血清、血浆、组织匀浆、细胞培养液、灌流液里的代谢物和酶活,都能用生化分析仪测出来:血糖、甘油三酯、总胆固醇、HDL/LDL,肝功能(ALT、AST、ALP、TP、ALB),肾功能(BUN、Cr、UA)等等。原理多是比色或酶偶联反应——反应产物的颜色深浅与待测物浓度成正比,仪器读吸光度换算成浓度。
这类指标看着简单,结果却最容易被样品处理决定:溶血、抗凝剂类型、组织匀浆的稀释倍数、冻融次数,都会让数字变样。所以我们动手前先确认样品类型和保存条件;匀浆样品同时测蛋白浓度做归一化,不靠"差不多取了同样多的组织"。
确认血清/血浆/匀浆类型,记录抗凝剂与保存条件。
同批试剂、同一批号,标准曲线同步做。
按指标要求的温度与时间反应,避免批次间漂移。
读吸光度/浓度,超线性范围的样本稀释后复测。
组间比较、显著性检验、出图。
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