LC-MS/MS 蛋白鉴定

LC-MS/MS 蛋白鉴定使用高分辨液相色谱-质谱联用系统对目的条带进行质谱检测分析，按照蛋白丰度排序的蛋白质鉴定列表方式进行报告反馈。其基本原理是利用质谱仪得到二级质谱的离子峰分布来鉴定样品中的肽段，进而鉴定蛋白种类。

拆开看是三步：先用液相把肽段分开——酶解后的肽段混合物按疏水性依次洗脱，让质谱在同一时刻面对尽量少的分子；再测两级质谱——一级谱（MS）给出每个肽段离子的质量，仪器挑出信号强的进入碰撞池打碎，二级谱（MS/MS）记下碎片离子的质量分布；最后回到数据库——碎裂规律是可预测的，把实测碎片图谱与理论图谱比对，就能反推出这段肽的氨基酸序列，再由肽段归属到蛋白。

所以这项服务回答的是"这条带里有什么"。它不需要先验假设，也不要求靶蛋白有可用抗体，适合的对象包括：SDS-PAGE 上差异表达或特异出现的条带、Co-IP／IP 的洗脱液、RNA 或 DNA pull-down 的洗脱产物、体外纯化或重组蛋白、以及需要确认是否为目的蛋白的样品。反过来，如果你要的是"两组之间各蛋白的表达量差多少"，那属于定量蛋白质组（DIA、LFQ、iTRAQ/TMT），不是本页的服务范围。

以上是送样起点，不是硬性门槛。条带偏弱、样品背景复杂、或需要鉴定修饰位点时，请先与技术顾问沟通——多数情况下可以通过调整上样量、染色方式和酶解策略解决。实际要求以最新版本的送样规范为准。

结果长什么样

第一份是蛋白质鉴定列表：按蛋白丰度参考值从高到低排列，每条蛋白给出匹配谱图数、唯一肽段数与覆盖度，用于快速锁定主带。第二份是目的蛋白序列覆盖图：把鉴定到的肽段映射回蛋白全长序列，直观显示实测区域覆盖了哪些区段——覆盖度越高，鉴定结论越扎实。

案例：鉴定与靶标蛋白 DDX58 相互作用的蛋白质

为了实现这一目标，选取两种细胞系（一种为稳定表达带 HA 标签 DDX58 蛋白的 293 细胞系，命名为实验组 T；另一种为常规 293 细胞系，命名为对照组 C），用 HA 抗体分别免疫共沉淀实验组 T 及对照组 C，收集蛋白洗脱液，溶液内酶解后，通过质谱分析，排除非特异性结合蛋白，最终筛选出与 DDX58 相互作用的蛋白。

在实验组 T 和对照组 C 中鉴定到的蛋白可以分为两大类：一类是在 T 组含量比在 C 组多的蛋白，另一类则是含量相当或在 C 组更多的蛋白。根据实验目的，需要关注的蛋白是第一类，作为互作的候选蛋白。部分鉴定结果如下表所示，靶标蛋白 DDX58 只在实验组 T 中被检测到，ACTN4、SFPQ、SND1 则可能是 DDX58 的相互作用蛋白。基于蛋白质丰度越高，采集到的二级谱图数越多的原则，我们采用谱图计数方法进行蛋白含量相对比较，结果见下表：